Фамилия Габдулганиев — одна из тех, что без разбора не прочитаешь с первого раза. Она образована от полного арабского имени Габдулганий, которое на русской почве обросло типичным патронимическим суффиксом -ев. Если разобрать имя по составу, «Габдул» (или «Абдул») означает «раб», а «Ганий» — один из эпитетов Аллаха, «Богатый» или «Вседостаточный». Вместе получается «раб Всемилостивого и Вседостаточного» — формула смирения и веры, очень распространённая в мусульманском мире.

Модель образования здесь прозрачная: к личному имени прибавили суффикс принадлежности, и фамилия стала отвечать на вопрос «чей?» — чей сын? Габдулганиев. Это типично для тюркских и кавказских народов, исповедующих ислам, где отчества и фамилии часто строятся не по славянскому принципу (Иванов — сын Ивана), а путём прибавления русского суффикса к полному арабскому имени. В Поволжье и на Урале таких фамилий особенно много.

Интересно, что в татарской и башкирской среде имя Габдулганий нередко сокращалось до Абдулганий или даже до Ганий, поэтому фамилия могла бытовать и в форме Абдулганиев. Разница в написании — не ошибка, а отражение местного произношения: твёрдый «г» в начале слова в одних диалектах заменялся на гортанный звук, близкий к «а». В метрических книгах XIX века можно встретить оба варианта, причём у одной и той же семьи.

Носители фамилии — почти поголовно татары или башкиры, реже — представители кавказских народов (например, кумыки или аварцы), но в этом случае фамилия чаще оканчивается на -ов. Встречается она и у казахов, хотя там патроним чаще оформляется без суффикса или с окончанием -ұлы/-қызы. Если предки носили фамилию Габдулганиев, то с высокой вероятностью они были муллами, торговцами или крестьянами из Казанской, Уфимской или Оренбургской губерний — именно там фиксировались самые ранние записи этого имени.

Споров о происхождении корня практически нет: все ономасты (от Унбегауна до современных татарских исследователей) сходятся на том, что основа чисто арабская, а суффикс — поздний русский. Редкость фамилии в том, что она сохранила полную форму имени, тогда как многие родственные фамилии (Ганиев, Ганеев, Абдулганиев) «съели» первый или второй слог.