Фамилия Гаджибеков происходит от имени Гаджибек, которое представляет собой фонетический вариант имени Хаджибек. Оно переводится с арабского языка как «бек (господин), совершивший хадж». Можно предположить, что родители назвали сына Гаджибеком, желая ему соблюсти религиозные требования ислама и совершить паломничество в священное для мусульман место – Мекку. Таким образом, потомок человека, которого звали Гаджибек, со временем получил фамилию Гаджибеков.