Фамилия Гаджимусиев — редкий пример фамилии, образованной от двусоставного мусульманского имени. Она строится по модели «имя отца + русский патронимический суффикс -ев», что указывает на её происхождение в среде, где русская административная культура фиксировала фамилии по отчеству, но сами имена оставались восточными. Основа здесь — личное имя Гаджимуси, которое, в свою очередь, сложено из двух компонентов: «Гаджи» (араб. حاجي — «паломник», совершивший хадж в Мекку) и «Муса» (араб. موسى — библейский Моисей, почитаемый в исламе как пророк). Таким образом, Гаджимуси — это «Муса-паломник» или «паломник по имени Муса».

Суффикс -ев, а не -ов, появляется потому, что основа имени заканчивается на мягкий согласный или гласный звук (в исходной форме Муси). Это типично для фамилий, записанных в XIX — начале XX века у народов Кавказа и Поволжья, где при оформлении фамилий по русскому образцу мягкость конечного звука сохраняли. Если бы имя звучало как Гаджимуса, фамилия стала бы Гаджимусин.

Вероятнее всего, носители фамилии — потомки аварцев, лезгин, даргинцев или других народов Дагестана, а также, возможно, азербайджанцев. В этих регионах имя Гаджимуса (в разных диалектных формах) было распространено, и при переписях или призыве в армию его носителям давали фамилию по отцу. Социально это могли быть и зажиточные горцы, совершившие хадж (отсюда «Гаджи»), и обычные крестьяне, получившие имя в честь уважаемого родственника. Никаких указаний на дворянское происхождение или принадлежность к конкретному сословию у этой фамилии нет — она бытовала в среде, где сословные различия фиксировались иначе, чем в центральной России.

Стоит отметить, что написание «Гаджимусиев» — не единственный вариант. Встречаются формы Гаджимусаев, Гаджимусин, а также без суффикса — Гаджимуса, если фамилия не была русифицирована. Но вариант с -ев — самый частый в российских документах, так как он точнее передаёт звучание исходного имени и соответствует стандартам записи в паспортах советского образца. Фамилия не имеет отношения к арабскому слову «мусий» (нищий) или к какому-либо ремеслу — она целиком и полностью именная, указывающая на отца-паломника по имени Муса.