Фамилия Гафеев образована от имени или прозвища Гафей. В основе лежит арабское имя Гафур (аль-Гафур — «Всепрощающий», один из эпитетов Аллаха), которое через тюркское посредничество (Гафей, Гафый) вошло в обиход татар, башкир и других народов Поволжья. Русский суффикс -ев, а не -ов, указывает на то, что основа оканчивалась на мягкий согласный или й (Гафей → Гафеев). Модель типична для фамилий, возникших в среде крещёных татар или в русско-татарском пограничье, где мусульманские имена адаптировали под православную традицию.

Вторая версия, менее вероятная, связывает фамилию с диалектным глаголом «гафить» — зевать, ротозейничать. В этом случае прозвище Гафей мог получить рассеянный или медлительный человек. Однако арабский корень встречается в фамилиях Поволжья гораздо чаще, чем диалектная лексика, поэтому первая версия убедительнее.

Географически фамилия Гафеев встречается в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Самарской областях — в зоне расселения татар и башкир. В старых метрических книгах XIX века носители фамилии записаны как государственные крестьяне или мещане, что говорит о непривилегированном происхождении. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Интересная деталь: в некоторых переписях фамилию писали через «а» — Гафаев, что ещё ближе к исходному имени Гафур. Чередование ф/п (Гапеев) тоже встречается, но редко. В современном написании Гафеев сохранил именно ту форму, которая закрепилась в паспортных столах советского времени.