Фамилия Гакаленко образована от прозвища Гакал, а её суффикс -енко (украинский патронимический формант) указывает на происхождение с территории современной Украины или юга России. Такая модель означает «сын Гакала» или «потомок Гакала» и была особенно популярна в казачьей среде в XVI–XVIII веках.

Само прозвище Гакал восходит к глаголу «гакать». В разных говорах у этого слова несколько значений: издавать гортанный звук между [га] и [ха] при резком движении или рывке; подтверждать что-либо коротким «ага»; а также гоготать — о гусях. Первое значение могло закрепиться за человеком с характерной манерой речи — отрывистой, с гортанными интонациями. Второе — за тем, кто в разговоре часто поддакивал или откликался. Третье, менее очевидное, допускает, что Гакалом прозвали птицевода, разводившего гусей.

Прозвище Гакал — редкое, и это делает фамилию Гакаленко нечастым примером патронимической модели от нецерковного, звукоподражательного корня. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые преобладают в северной и центральной России, форма на -енко характерна для левобережной Украины и Слобожанщины. Встречается также вариант написания Гокаленко — с заменой гласной под влиянием местных говоров, но первичным считается именно «Гакаленко».

Исходное прозвище со временем вытеснило крестильное имя предка и закрепилось в документах как родовое. Так что первые носители фамилии — скорее всего, потомки человека по прозвищу Гакал, жившего в украинских или южнорусских землях.