Фамилия Галагань — редкий случай, когда написание через мягкий знак на конце может сбить с толку. Если отбросить конечный -ь, основа оказывается той же, что и у более известной фамилии Галага́н. В обоих случаях в основе лежит украинское или южнорусское прозвище.

Самая прямая версия связывает фамилию с украинским словом «галаган» — так в некоторых говорах называли крикливого, громкоголосого человека или того, кто любит шум, гам. Слово звукоподражательное, от «гала́» — шум, крик. Встречается и диалектное «галаганить» — громко говорить, кричать. Таким образом, первый носитель прозвища Галагань мог получить его за голос или манеру общения.

Мягкий знак в конце — характерная черта для фамилий, образованных от прозвищ с помощью суффикса -ань. В украинской и белорусской ономастике такой суффикс нередко придавал прозвищу оттенок ласкательности или, наоборот, уничижительности (сравните с фамилиями Ковань, Довгань). Вполне возможно, что Галагань — это не просто «крикун», а «крикунчик», «шумливый парень» — уменьшительная форма исходного прозвища.

Географически фамилия тяготеет к Черниговской и Полтавской областям Украины, а также к югу России — территориям, где исторически были сильны украинские говоры. В дореволюционных записях встречаются варианты написания без мягкого знака — Галаган, но форма с -ь может указывать на более позднюю адаптацию фамилии в русской среде, где мягкий знак иногда ставили по аналогии с фамилиями вроде Гоголь или Король.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркским именем Калаган (от «кал» — оставаться). Однако для фамилии Галагань, с её прозрачной славянской звукоподражательной основой, эта гипотеза выглядит натянутой. Скорее всего, предки носителей фамилии были простыми людьми, получившими уличное прозвище за свой нрав или манеру говорить, которое со временем закрепилось как родовое имя.