Фамилия Галли — один из тех случаев, когда географический разброс носителей мешает сразу определить единственный корень. Представители фамилии живут в Италии, Венгрии и Германии, и у каждой из этих ветвей может быть своя история, хотя наиболее вероятное объяснение — общее.

Скорее всего, фамилия Галли восходит к европейскому имени Gal. Оно, в свою очередь, образовано от латинского «gallus» — «петух». Это имя получило широкое распространение благодаря Гаю Вибию Требониану Галлу — римскому императору, правившему в 251—253 годах. Короткое правление Галла не было спокойным: на границах военная угроза стала ещё серьёзней, а сам император, избегая сражений, утратил доверие армии и впоследствии был убит солдатами. Тем не менее имя, пусть и с такой неоднозначной историей, закрепилось в европейской ономастике, а фамилия Галли могла образоваться как отчество или патроним — «потомок Галла».

В германской языковой среде возможен и другой, менее вероятный вариант. Фамилию могли дать по прозвищу от средненемецкого слова «galle» — «горечь; желчь». В средневековой Европе желчь связывали с холерическим, язвительным нравом, так что прозвище могло закрепиться за человеком с резким или сварливым характером. Однако эта версия уступает первой по распространённости: фамилии от имени Gal встречаются чаще, чем от прозвища по характеру, и к тому же хорошо объясняют итальянскую и венгерскую ветви.

Обратите внимание на суффикс: в итальянском варианте окончание -и — типичный показатель множественного числа или патронимической формы («сыновья Галло»). В немецком или венгерском контексте фамилия могла закрепиться без изменений, как есть. Таким образом, носители фамилии Галли могут быть потомками человека по имени Галл, а в отдельных случаях — выходцами из семьи, где предка прозвали «желчным».

Фамилия не относится к числу русских, но в России встречается — чаще всего у потомков обрусевших немцев или итальянцев, а также у людей, чьи предки переселились из Венгрии или Австро-Венгрии в XIX—XX веках.