Фамилия Гамукин — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано с характером или поведением человека, а не с профессией или именем. Корень здесь — «гамук», диалектное слово, которое в южнорусских и украинских говорах означало «крикун», «шумный, беспокойный человек». Соответственно, Гамукой в XIX веке могли прозвать непоседу, задиру или просто того, кто говорил громко и постоянно. Слово это родственно украинскому «гамувати» — шуметь, галдеть, и белорусскому «гам» — шум, гам.

Модель образования простейшая: к основе «Гамук» добавили типичный русский суффикс принадлежности -ин. В отличие от -ов, который чаще крепился к именам и названиям профессий на твёрдый согласный, -ин был характерен для прозвищ и имён на -а, -я. Форма «Гамукин» буквально означает «сын (или потомок) Гамуки». Если бы фамилия образовалась от имени Гамук (что маловероятно, так как такого канонического имени нет), она звучала бы как Гамуков.

Географически фамилия тяготеет к югу России — Курская, Воронежская, Ростовская области, а также к востоку Украины. В центральных и северных губерниях она почти не встречается. Это косвенно подтверждает связь с южнорусской диалектной лексикой.

Версия о тюркском происхождении (от «гамук» — «закрытый, запертый» в некоторых тюркских языках) маловероятна: для тюркских заимствований в русских фамилиях обычно характерны другие суффиксы и другая география распространения. Если бы предок нёс тюркское прозвище, оно скорее превратилось бы в Гамуков или Гамуковский.

Сословно Гамукины, скорее всего, были крестьянами или однодворцами — потомками служилых людей, которые несли сторожевую службу на южных рубежах. Фамилия не княжеская и не боярская, её носители не фигурируют в родословных книгах дворянства, что для фамилии с ярко выраженным прозвищным корнем совершенно нормально.