Фамилия Гандабура — редкий случай, когда основа слова не поддаётся однозначной славянской этимологии. В ней нет типичных русских суффиксов -ов, -ин или -ский, что сразу указывает на иноязычное происхождение. Скорее всего, перед нами украинская или белорусская фамилия, образованная от прозвища. Ключ к разгадке — корень «ганда-», который можно связать с тюркским «ганда» (чепуха, пустяк) или с диалектным украинским «гандабур» — так в некоторых регионах называли неуклюжего, нерасторопного человека. Вторая часть «-бура» может быть вариантом слова «бурий» (серо-бурый), то есть прозвище могло описывать внешность: «бурый болтун» или «нескладный бурый тип».

Есть и другая, менее популярная версия: фамилия могла возникнуть от названия населённого пункта. В Западной Украине встречаются топонимы с корнем «Ганда-», например, село Гандабура в Винницкой области (сейчас — часть посёлка). Тогда носитель фамилии — выходец из этого села, а окончание -а — типичное украинское окончание фамилий-топонимов (сравните: Довгаль, Коваль). Однако эта версия слабее: село могло получить название от прозвища первопоселенца, а не наоборот.

Особенность фамилии — её географическая привязанность. Гандабура почти не встречается в России, зато относительно частотна в центральных и западных областях Украины, а также среди потомков украинских переселенцев в Молдове и Румынии. Это подтверждает, что фамилия возникла в среде украинского казачества или крестьянства, где прозвища давали по поведению или внешним приметам.

Поскольку фамилия не имеет дворянского суффикса -ский, её носители, скорее всего, относились к непривилегированным сословиям. В реестрах Войска Запорожского XVII–XVIII веков подобных прозвищных фамилий много — их давали казакам за характерные черты, часто с юмором или иронией. Так что предок современного Гандабуры мог быть либо неспешным и ворчливым селянином, либо обладателем бурой масти лошади или собаки, либо человеком, который любил «гандабурити» — болтать без толку.