Фамилия Ганишин образована от имени или прозвища Ганиша. Основа здесь — краткая форма от канонического имени Геннадий или, реже, от крестильного имени Агафон (в народном произношении — Гафон). В обоих случаях исходное имя греческого происхождения: Геннадий означает «благородный», Агафон — «добрый». Но между ними и фамилией Ганишин стоит промежуточное звено — уменьшительная форма Ганиша. Именно она, а не полное имя, и легла в основу.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Ганишин буквально значит «сын Ганиши» или «человек из семьи Ганиши». Такая модель образования типична для русских фамилий от личных имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые образуются от основ на твёрдый или мягкий согласный, -ин — показатель «матронимического» или прозвищного происхождения, хотя в случае с Ганишиным речь идёт именно об отцовском имени.

В ономастике есть и альтернативная версия: связь с тюркским словом «ганиш» (беседа, разговор). Но она менее убедительна. Фамилия распространена в центральных и северных областях России, где канонические имена давали множество производных форм, и Ганиша — одна из них. Встречается также вариант Ганишев — с суффиксом -ев, что говорит о возможном закреплении фамилии в разных говорах или при переписи населения в разных губерниях.

Исторически носители фамилии — скорее всего, крестьяне или посадские люди. Фамилии на -ин у крестьян стали массово фиксироваться после отмены крепостного права, но отдельные случаи известны и раньше. Ганишины не принадлежали к дворянским родам: в родословных книгах эта фамилия не встречается.