Фамилия Ганишева — женская форма от Ганишев, и её разговорная, а не книжная природа выдаёт суффикс. В русских фамилиях суффикс -ев обычно присоединяется к основе, оканчивающейся на мягкий согласный, шипящий или -ц, а -ов — к твёрдому. Здесь основа Ганиш — с шипящим на конце, поэтому -ев, а не -ов. Это сразу указывает на то, что фамилия сложилась в народной среде, а не в дворянских гербовниках, где предпочитали формы на -ский.

Самая вероятная основа — мужское имя Ганиш. Оно могло быть разговорным вариантом канонического имени Гавриил, которое в быту упрощалось до Гавриш, Гавша, а затем и до Ганиш. В пользу этой версии — обилие русских фамилий от уменьшительных форм Гавриила: Гаврилов, Гаврилин, Гавришев. Ганишев стоит в том же ряду, но с дополнительным смягчением или диалектной перестановкой звуков. Другое возможное, но менее распространённое объяснение — от тюркского имени Гани (богатый, состоятельный) с добавлением русского суффикса -иш, который в южнорусских и украинских говорах придавал именам ласкательный оттенок. Тогда Ганиш — «маленький Гани» или «сын Гани».

Географически фамилия Ганишева встречается не повсеместно, а тяготеет к регионам, где смешивались русское и тюркское население: Поволжье, Урал, юг Сибири. В дореволюционных переписях она чаще всего фиксировалась среди государственных крестьян и мещан, то есть людей, не имевших крепостной зависимости и живших своим трудом. Это подтверждает «прозрачность» фамилии: её носители не нуждались в искусственном облагораживании, их происхождение читалось прямо — по имени отца или деда.

Сравнение с однокоренными фамилиями тоже показательно. Ганишев и Ганичев — не одно и то же. Ганичев образован от имени Ганич (с уменьшительным суффиксом -ич), а Ганишев — от Ганиш. Разница в один звук, но она чётко разводит две разные модели образования. Встречается и фамилия Ганишин — от основы Ганиша, что характерно для северных и сибирских говоров, где суффикс -ин вытеснял -ев. Таким образом, Ганишева — не случайное искажение, а устойчивая форма, за которой стоит конкретная словообразовательная традиция.

Коротко: предки носительницы фамилии, скорее всего, были русскими крестьянами или посадскими людьми из зоны контакта с тюркскими народами, а прозвище родоначальника пошло от домашнего сокращения имени Гавриил или, реже, от имени Гани.