Фамилия Ганижева — женская форма фамилии Ганижев, и её происхождение напрямую связано с мужской основой. Сама же фамилия Ганижев, скорее всего, образована от прозвища или имени, имеющего тюркские корни. На Кавказе, особенно в среде осетин, ингушей и чеченцев, встречается личное имя Ганиж, которое могло быть уменьшительной или производной формой от арабского имени Гани (в значении «богатый», «состоятельный», «обладающий достатком») с добавлением местного суффикса -ж. Таким образом, Ганижев — это «сын Ганижа» или «потомок Ганижа».

Суффикс -ев в фамилии указывает на русскую модель образования, что типично для многих народов Северного Кавказа, чьи фамилии оформлялись по русскому образцу в XIX–XX веках. Интересно, что фамилия Ганижева (и Ганижев) не слишком распространена в центральной России, а имеет ярко выраженную региональную привязку к Ингушетии, Чечне и Северной Осетии. В этих республиках она встречается среди представителей ингушских и осетинских фамильных групп, где ударение чаще всего падает на второй слог: Ганижева.

Однокоренных русских фамилий у Ганижева нет, что подтверждает её иноязычную основу. Если сравнивать её с другими кавказскими фамилиями, то по модели образования она схожа с фамилиями типа Дзагоев, Цораев, где корень — личное имя, а окончание — русский патронимический суффикс. Версия о происхождении от русского слова «ганить» (осуждать, бранить) или от «ганать» (гадать) маловероятна: такие прозвища в принципе существовали, но они дали бы фамилию Ганичев или Ганин, а не Ганижев. Форма с -ж- указывает именно на тюрко-кавказский субстрат.

Таким образом, носительница фамилии Ганижева может с высокой вероятностью проследить свои корни до предка по мужской линии, которого звали Ганиж — имя, скорее всего, указывавшее на достаток или благополучие в роду.