Фамилия Ганишевская — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает личное прозвище. Это типичная «топонимическая» фамилия, то есть образованная от названия места. Суффикс -ск- указывает на принадлежность или происхождение: Ганишевская — значит «та, что родом из Ганишева» или «из семьи Ганишевских».

Сам топоним Ганишево (или Ганишев) мог возникнуть от имени или прозвища Ганиш. В основе, скорее всего, лежит разговорная форма канонического имени Гавриил — Ганя, с добавлением уменьшительного суффикса -иш. Имя Гавриил, пришедшее из древнееврейского, означает «Божья крепость» или «сила Божья», но в народной среде оно быстро обрастало ласковыми и бытовыми вариантами. Таким образом, Ганиш — это «маленький Ганя», а Ганишево — «поселение Ганиша».

Версия с прозвищем от глагола «ганить» (хулить, бранить) или от диалектного слова «гань» (насмешка, позор) менее вероятна, хотя и возможна. Такое прозвище дали бы сварливому человеку, но фамилия с суффиксом -ск- в женском роде почти всегда указывает на дворянское или шляхетское происхождение, где прозвища реже становились основой для родового имени. В польской и западнорусской традиции (на территории бывшей Речи Посполитой) фамилии на -ский/-цкий носили преимущественно шляхта, и образовывали их от названий имений.

Следовательно, носительница фамилии Ганишевская, вероятно, происходит из мелкопоместной шляхты или из семьи, владевшей хутором Ганишево. Географически такие фамилии чаще всего встречаются на западе современной России, в Беларуси и на востоке Украины — в зоне расселения польско-литовской знати. В отличие от распространённых фамилий на -ов/-ев, эта форма сохранила связь с конкретным клочком земли, что делает её своеобразным «паспортом» предков.