Фамилия Ганишев образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Ганишев послужило имя Ганя. Возможно, что фамилия Ганишев происходит от прозвища Ганиш из нарицательного «гана» (в переводе с украинского – «осуждение»). Согласно другой, более правдоподобной версии, фамилия Ганишев была образована от имени Гавриил. Само имя Гавриил имеет древнееврейские корни, а на русский переводится как «божественный воин». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Ганя, со временем получил фамилию Ганишев. О точном месте и времени возникновения фамилии Ганишев в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Ганишев представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.