Основой фамилии Ганишев послужило имя Ганя. Возможно, что фамилия Ганишев происходит от прозвища Ганиш из нарицательного «гана» (в переводе с украинского – «осуждение»). Согласно другой, более правдоподобной версии, фамилия Ганишев была образована от имени Гавриил. Само имя Гавриил имеет древнееврейские корни, а на русский переводится как «божественный воин».