Фамилия Ганнеча — редкий случай в русской ономастике, и её происхождение ведёт к двум разным именам, мужскому и женскому. Основная версия связывает её с уменьшительной формой крестильного имени Гавриил. В переводе с древнееврейского Гавриил означает «божественный воин», и от него в народе образовалось множество ласковых и обиходных вариантов: Гавря, Гаврик, Гаврюша, Гавша, Ганя. Форма Ганнеча — одна из таких производных, и именно она закрепилась в качестве фамильного прозвища. Покровителем имени считается Архангел Гавриил, который, согласно христианской традиции, принёс Деве Марии благую весть о рождении Иисуса, а в исламе — продиктовал Мухаммеду Коран.

Вторая версия, менее распространённая, но имеющая право на существование, производит Ганнечу от украинской разговорной формы имени Ганна (Анна). Само имя Анна древнееврейского происхождения и означает «Божья благодать». Однако фамилии, образованные от женского имени, встречаются значительно реже, чем от мужских, поэтому эта гипотеза уступает первой по вероятности.

С точки зрения словообразования, фамилия Ганнеча не имеет типичного русского суффикса (-ов, -ин, -ский), что указывает на её происхождение из прозвища, а не из притяжательного прилагательного. Такие «неоформленные» фамилии чаще встречаются на западе и юге России, а также в Беларуси и Украине. Скорее всего, предок носителя фамилии был известен в своей среде под ласковым прозвищем Ганнеча, которое со временем закрепилось за его потомками без дополнительных суффиксальных изменений. Таким образом, фамилия Ганнеча — это живое напоминание о том, как церковные имена превращались в домашние, а затем и в родовые.