Фамилия Ганнибалова — яркий пример того, как русская фамилия может иметь нерусское, даже экзотическое происхождение. В основе лежит имя Ганнибал — знаменитый карфагенский полководец, но в русской истории оно прочно ассоциируется с Абрамом Петровичем Ганнибалом, «арапом Петра Великого», прадедом Александра Пушкина. Однако носители фамилии Ганнибалова не обязательно потомки того самого арапа. Скорее всего, фамилия образована от прозвища Ганнибал, которое в крестьянской или мещанской среде могли дать человеку за смуглую кожу, кучерявые волосы или за суровый, «полководческий» нрав. В русской ономастике такие «громкие» прозвища — не редкость: встречались и Наполеоновы, и Цезаревы.

Суффикс -ов, а не -ин, указывает на то, что фамилия образована по классической патронимической модели: «чей?» — Ганнибалов, то есть сын или потомок Ганнибала. Женская форма Ганнибалова — это естественное грамматическое окончание для фамилий на -ов. В отличие от дворянской фамилии Ганнибал (без суффикса), которая принадлежала самому Абраму Петровичу и его прямым потомкам, форма Ганнибалова типична для простонародья. Она могла возникнуть, когда крестьянам или однодворцам давали фамилию по имени или прозвищу отца, и в документах она закрепилась именно в такой, «суффиксальной» форме.

География фамилии сегодня размыта, но можно предположить, что её корни — в центральных или южных губерниях России, где память об арапе Петра Великого была жива в фольклоре и устных преданиях. Любопытно, что фамилия не получила широкого распространения, оставаясь довольно редкой. Это говорит о том, что прозвище давали не массово, а в единичных случаях. Встречаются варианты написания с одной «н» — Ганибалова, что связано с народным упрощением сложного имени. Таким образом, фамилия Ганнибалова — не столько знак аристократического родства, сколько свидетельство того, как историческая личность стала источником бытового прозвища и превратилась в фамилию простого человека.