Фамилия Ганницкий образована от имени Ганна — украинского варианта женского имени Анна, которое в переводе с еврейского означает «Божья благодать». В истории православия известно 16 святых покровительниц имени Анна. Суффикс -цк- дополнительно указывает на украинское происхождение фамилии Ганницкий. Согласно другой версии, фамилия Ганницкий восходит к географическому названию болгарской местности Ганница, выходцем из которой мог быть основатель рода Ганницких. В результате, потомок женщины, обладающей именем Ганна, со временем получил фамилию Ганницкий. Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Ганницких можно лишь на основании генеалогических исследований.