Фамилия Ганницкий — один из тех случаев, где сталкиваются две равноправные версии происхождения, и ни одна из них не выглядит натянутой. Первая и самая очевидная отсылает к имени Ганна — украинской форме имени Анна (в переводе с древнееврейского — «благодать», «милость»). В православной традиции известно 16 святых покровительниц этого имени, что делало его одним из самых распространённых в народной среде.

Суффикс -цк- здесь ключевой. В украинской ономастике фамилии на -цький (-цкий) обычно указывают либо на принадлежность к определённой местности, либо на прозвищное происхождение, но в паре с женским именем эта модель встречается реже. Чаще фамилии типа Ганницкий давали детям, которых воспитывала мать по имени Ганна, — вдове или женщине, чей муж отсутствовал. Такой способ образования (от материнского имени) называется матронимом, и он характерен для западноукраинских и польских земель, где социальный статус женщины мог быть выше, чем в центральной России.

Вторая версия — топонимическая. В Болгарии есть село Ганница (область Враца), и фамилия Ганницкий могла возникнуть как указание на выходца оттуда. В пользу этой гипотезы говорит сам суффикс -ицк-, типичный для фамилий, образованных от названий поселений (сравните: Заблоцкий — от Заблотье, Островский — от Остров). Если предок носителя фамилии переселился из болгарской Ганницы, его могли прозвать Ганницким — «тот, кто из Ганницы».

Обе версии имеют право на существование, и без конкретных генеалогических записей выбрать между ними сложно. Ясно одно: фамилия не великорусская, а западно- или южнославянская по корням, и её носители вряд ли принадлежали к высшему дворянству — скорее к крестьянскому или мещанскому сословию, где прозвища по имени матери или по месту выхода были обычным делом.