Фамилия Ганоева — редкий случай, когда географический и языковой анализ заводит в сторону от привычных русских моделей. Если сразу смотреть на суффикс, то -ев указывает на русскую патронимическую форму («чей?» — Ганоев), но основа «Ганой» для русского уха звучит нехарактерно. Здесь кроется главная интрига.

Скорее всего, фамилия имеет осетинские корни. В осетинском языке фамилии на -ев (а также -ов) — это русифицированные окончания осетинских фамилий. Исходная форма могла быть Ганойтæ или Ганоевтæ. Основа «Ган» или «Гано» восходит к мужскому личному имени, которое в свою очередь может быть сокращением от более длинных имен, например, от Ганиж (в переводе с осетинского — «победитель», «сильный») или от имени Ган (связанного с понятием «войско», «сила»). В осетинской антропонимике суффикс -ой часто указывает на принадлежность к роду или на прозвищное происхождение.

Вторая, менее вероятная версия — тюркская. В тюркских языках (например, в карачаево-балкарском или кумыкском) слово «гана» может означать «кровь», «род», а суффикс -ой — притяжательный. Тогда Ганоев — «принадлежащий к роду Гана». Но для тюркских фамилий более типичны окончания на -лы, -улы, -оглы, поэтому осетинская версия выглядит убедительнее.

Таким образом, носитель фамилии Ганоева, скорее всего, потомок осетинского рода, чей предок носил имя Гано (Ганой). Фамилия закрепилась в русском делопроизводстве после вхождения Осетии в состав Российской империи, когда горцам начали присваивать фамилии по русскому образцу. Встретить её можно преимущественно в Северной Осетии, а также среди осетинской диаспоры. Другие варианты написания — Ганоев (мужская форма), в редких случаях встречается усечённый вариант Ганой.