Фамилия Ганоев — редкий случай, когда с первого взгляда ясна модель образования, но неясна основа. Суффикс -ев указывает на происхождение от имени или прозвища, оканчивающегося на -ей или -ай (в родительном падеже — Ганоя, отсюда Ганоев). Вопрос в том, что это за имя.

Самая вероятная версия — осетинское происхождение. В осетинском языке есть имя Гано (Ганой), которое восходит к общекавказскому корню, связанному с понятиями «сильный», «могучий» или «защитник». Фамилии на -ев у осетин — обычное дело (ср. Дзагоев, Битаров), и Ганоев вписывается в этот ряд. Если так, то предок носителя фамилии был человеком с этим именем, и фамилия закрепилась по отцу: «сын Гано».

Вторая версия, менее вероятная, но возможная, — связь с тюркским словом «ган» (хан, властитель) или «гана» (источник, родник). В таком случае Ганоев могло быть прозвищем человека, жившего у родника, или же искажённой формой фамилии Ханоев (от хан). Однако эта гипотеза слабая: для тюркских фамилий типичнее суффикс -ов, а не -ев, и форма «Ганоев» для них нетипична.

Географически фамилия встречается в основном на Северном Кавказе, особенно в Северной Осетии, а также среди осетинских диаспор. В русских документах XIX века осетинские фамилии часто записывали на слух, поэтому Ганоев могло возникнуть как вариант записи более распространённой Ганойты или Гануев. В любом случае, корень фамилии — личное имя или прозвище, а не профессия или место. Социальный состав предков, скорее всего, был крестьянским или воинским — в осетинском обществе фамилии не делились строго по сословиям, и Ганоевы могли быть как рядовыми общинниками, так и представителями знати, если имя Гано было родовым.