Фамилия Гапилов — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Скорее всего, в её основе лежит личное имя Гапил, которое, в свою очередь, является диалектной формой арабского имени Гафил. В переводе с арабского оно означает «беспечный», «забывчивый», «невнимательный». Имена с таким значением в мусульманской традиции нередко давали как оберег — чтобы отвести от ребёнка сглаз и злые силы, «обмануть» судьбу.

Менее вероятна, но интересна вторая версия, связывающая фамилию с кавказскими корнями. Согласно ей, прозвище Гапил восходит к черкесскому слову «гъуаплъэ» — «медь». В этом случае перед нами не имя, а профессиональное прозвище: Гапилом могли назвать медника, мастера, работавшего с медью. Такие прозвища были распространены в ремесленной среде Северного Кавказа, где обработка металла ценилась высоко.

Обе версии имеют право на существование, но первая — арабская — выглядит правдоподобнее. Дело в том, что модель, при которой фамилия образуется от личного имени через суффикс -ов, типична для русской ономастики: Гапил → Гапилов. А вот прозвище, заимствованное из черкесского, скорее дало бы фамилию с другим суффиксом или вовсе не перешло бы в русскую фамильную форму. В любом случае, обе гипотезы указывают на южные или восточные корни рода — либо тюрко-мусульманские, либо кавказские.