Фамилия Гаппарова образована от мужского тюркского имени Гаппар. Это имя восходит к арабскому корню «гафур» — «прощающий, милосердный», одному из эпитетов Аллаха в исламе. Родители, нарекая сына Гаппаром, желали ему стать достойным мусульманином, воплощая в имени надежду на божественное всепрощение и милосердие.

Фамилия строится по самой распространённой в тюркской среде модели: к основе (имени Гаппар) добавляется русский патронимический суффикс -ов, который указывает на принадлежность к роду. Буквально Гаппаров — «сын Гаппара». Женская форма Гаппарова образована по тому же принципу, но с окончанием -а.

Встречаются варианты написания с одной «п» — Гапаров. Это может быть следствием упрощения при записи в документах, но исходная форма с удвоенной «п» точнее передаёт арабскую графику имени.

У фамилии нет узкой географической привязки: она распространена среди народов, исповедующих ислам, — от татар и башкир до народов Кавказа и Средней Азии. В каждом регионе имя Гаппар могло приобретать местные фонетические оттенки, но суть оставалась той же — указание на милосердие как на личное качество или религиозный идеал.

Никаких свидетельств о принадлежности Гаппаровых к определённому сословию или ремеслу нет. Фамилия не указывает на профессию предка, а целиком отсылает к имени основателя рода. Поэтому для её носителей фамилия остаётся прямым напоминанием об имени, которое когда-то выбрали для своего сына как благословение и жизненный ориентир.