Фамилия Гаппаров образована от мужского тюркского имени Гаппар. Значение этого имени восходит к арабскому корню, означающему «прощающий, милосердный». В исламской традиции это один из эпитетов Всевышнего, поэтому имя Гаппар относилось к теофорным — то есть таким, которые несут сакральный смысл и напоминают о божественных качествах. Нарекая сына Гаппаром, родители желали ему вырасти достойным мусульманином, живущим по законам милосердия.

Сама модель фамилии типична для тюркских народов, особенно для татар, башкир, казахов и узбеков: суффикс -ов (или -ев) добавлялся к основе имени, чтобы указать на принадлежность — буквально «сын Гаппара». В русской традиции такие фамилии закрепились в XIX–XX веках, когда тюркские народы входили в состав Российской империи и оформляли документы с патронимическими окончаниями по русскому образцу.

Интересно, что у имени Гаппар есть близкие варианты — Гаффар, Каффар, — которые в разных диалектах и языках могли звучать по-разному, но объединены общим корнем «прощение». Встречается и фамилия Гаппаров в написании с одной или двумя буквами «п»; второй вариант (Гаппаров) чаще фиксируется у народов, где в языке присутствует долгая согласная.

Сословного барьера у этой фамилии не было: Гаппаровыми могли быть и крестьяне, и купцы, и духовные лица. Встречаются Гаппаровы среди известных учёных и спортсменов, но массово фамилия не стала широко распространённой за пределами Средней Азии и Поволжья.