Фамилия Гапарова образована от мужского тюркского имени Гаппар. В основе лежит арабский корень со значением «прощающий, милосердный» — один из эпитетов Аллаха. В фамилию лег графический вариант этого имени — Гапар. Родители, называя сына Гапаром, желали ему стать достойным мусульманином, поэтому имя носило пожелательный, охранительный смысл.

Фамилия строится по самой распространённой в тюркской среде модели: к основе добавляется русский патронимический суффикс -ов (в женском роде -ова). Это указывает на то, что предок носителя фамилии попал в орбиту русского делопроизводства — скорее всего, во второй половине XIX века, когда массово фиксировались фамилии у народов Кавказа и Средней Азии. Форма Гапарова означает «дочь (или жена) Гапара» и со временем закрепилась как наследственная фамилия для женщин.

Словообразовательная модель типична для азербайджанских, дагестанских и туркменских фамилий. Вероятнее всего, географические корни фамилии — в Закавказье или на Северном Кавказе, где имя Гаппар (Гапар) встречается особенно часто. В отличие от фамилий на -оглы или -заде, форма на -ов указывает на более позднюю русификацию документации.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Гаппаров, Гапбаров — вариант Гапарова ближе к устному бытовому произношению, где двойной согласный упростился. Именно этот разговорный вариант и закрепился в официальных бумагах.