Фамилия Гапаров образована от мужского тюркского имени Гаппар, которое в переводе с арабского означает «прощающий, милосердный». В основу фамилии лег графический вариант данного имени – Гапар. Вероятно, родители, нарекая ребенка таким именем, как Гапар, желали своему сыну стать достойным мусульманином. Таким образом, потомок человека, которого звали Гапар, со временем получил фамилию Гапаров.