Фамилия Гапаров — одна из тех, где основа ясна, а история уходит в глубину тюркской и арабской традиции. Она образована от мужского имени Гапар, которое представляет собой графический (то есть упрощённый при записи) вариант полного арабского имени Гаппар. В переводе с арабского «аль-Гаффар» означает «прощающий, милосердный» — это один из эпитетов Аллаха. Родители, называя сына Гапаром, вкладывали в имя не просто пожелание, а религиозный смысл: желали, чтобы ребёнок вырос достойным мусульманином, которому свойственны милосердие и умение прощать.

Фамилия строится по стандартной для тюркских народов модели: к основе на согласный добавляется русский суффикс -ов, который закрепился в документах после вхождения регионов в состав Российской империи. Форма «Гапаров» буквально означает «сын (или потомок) Гапара». Такая модель образования фамилий широко распространена у татар, башкир, казахов и народов Кавказа — везде, где русская администрация фиксировала имена в метриках и переписях.

Важно заметить, что корень «гап(п)ар» встречается и в других фамилиях — Гаппаров, Гафаров, Гафуров. Все они восходят к одному арабскому источнику, но различаются огласовкой и степенью редукции звуков в устной речи. Гапаров — более краткий вариант, который мог возникнуть в тех говорах, где удвоенные согласные упрощались.

Сословная принадлежность первых носителей фамилии не зафиксирована в общих источниках, но по модели образования можно предположить, что предки Гапаровых были либо крестьянами, либо ремесленниками, либо служилыми людьми из тюркской среды. Элитные фамилии такого типа обычно получали суффикс -ский или оформлялись по-другому. Так что, скорее всего, это фамилия простого человека, чьё имя когда-то записал писарь, и с тех пор она передаётся из поколения в поколение.