Фамилия Габбарова — женская форма фамилии Габбаров, и её происхождение почти наверняка связано с тюркскими языками. Основа — мужское имя Габбар, которое восходит к арабскому «аль-Джаббар» — одно из имён Аллаха в исламе, означающее «Могучий», «Великий», «Обладающий силой». В татарской, башкирской, казахской среде это имя давали в честь одного из 99 эпитетов Всевышнего, и со временем оно перешло в фамилию.

Суффикс -ов в русской передаче указывает на принадлежность: Габбаров буквально означает «сын Габбара», «из рода Габбара». В татарском и башкирском языках фамилии такого типа оформлялись по русской модели в XIX–XX веках, когда началась массовая фиксация фамилий у народов Поволжья и Урала. Поэтому географически фамилия Габбаров (и Габбарова) чаще всего встречается среди татар, башкир, реже — у казахов и узбеков.

Менее вероятная, но возможная версия — от диалектного тюркского слова «габбар» или «каббар» в значении «упрямый», «своенравный». В таком случае прозвище могло закрепиться за человеком с крутым нравом. Однако большинство ономастов сходится на том, что в основе лежит именно арабское имя, так как оно широко распространено в мусульманской антропонимии.

Интересная деталь: в дореволюционных записях фамилию могли записывать как Габбаровъ, а в советское время — через одно или два «б». Написание с двумя «б» (Габбаров) — норма для татарской передачи, где удвоение отражает арабский корень. Встречаются варианты Габаров, Габбаров — это следы канцелярских ошибок при переписи. Носительница фамилии Габбарова может с высокой вероятностью считать своими предками крещёных или мусульманских татар из Оренбургской, Уфимской или Казанской губерний, где такие фамилии наиболее типичны.