Фамилия Гапуржонова — редкий случай, когда в основе лежит не русское, а восточное имя, переосмысленное через русскую фамильную модель. Если разложить её на части, становится ясно, что перед нами женская форма, а мужская — Гапуржонов. Ключевой элемент здесь — суффикс -ов, который в русской традиции указывает на принадлежность: «чей?» — Гапуржонов, то есть потомок человека по имени или прозвищу Гапуржон.

Сама основа Гапуржон восходит к тюркскому или персидскому составному имени Гапур (или Гафур) с добавлением уменьшительно-ласкательного суффикса -жон (от персидского «джан» — душа, жизнь). Имя Гафур (от арабского «аль-Гафур» — Всепрощающий, один из эпитетов Аллаха) широко распространено у народов Средней Азии: узбеков, таджиков, киргизов. Таким образом, Гапуржон — это ласкательная форма имени Гафур, что-то вроде «дорогой Гафур» или «Гафур-душа». Фамилия Гапуржонова буквально означает «принадлежащая потомку Гапуржона».

С точки зрения географии, фамилия почти наверняка имеет среднеазиатские корни и встречается в среде народов, исторически связанных с Узбекистаном, Таджикистаном или Ферганской долиной. В русской среде она появилась поздно, в XX веке, вместе с миграцией и смешением культур. Интересно, что в отличие от типичных русских фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), здесь мы видим адаптацию мусульманского имени к русскому патронимическому суффиксу — процесс, характерный для советского периода, когда фиксация фамилий шла через ЗАГСы и паспортные столы.

Морфологическая модель проста: основа (Гапуржон) + суффикс принадлежности (-ов) + окончание женского рода (-а). В мужском варианте фамилия звучала бы как Гапуржонов. Сравните с однокоренными фамилиями вроде Гафуров, Гаппаров — они построены по тому же принципу, но без уменьшительного «-жон», что делает Гапуржонову более «личной» и тёплой по исходному смыслу. Предки носительницы этой фамилии, скорее всего, были уроженцами Средней Азии, и фамилия закрепилась за ними в том виде, в каком её записал советский чиновник, исходя из произношения.