Фамилия Гардиан — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение почти наверняка не связано с привычными для России прозвищами или крестильными именами. В русской среде фамилии, образованные от слова «гардиан» (от французского gardien — «стражник», «охранник»), практически не встречаются вплоть до XX века. Скорее всего, перед нами фамилия, принесённая в Россию извне — либо через французский язык, либо через английский (guardian), но в любом случае это искусственное, книжное или позднее заимствование.

Самая вероятная версия — фамилия Гардиан могла появиться в дворянской или интеллигентской среде в XIX — начале XX века, когда в моде были «европейские» фамилии, часто образованные от нарицательных слов французского или немецкого происхождения. Так, например, в России встречались фамилии Гарди, Гарден, Гарднер — все они восходят к корню «гард» (стража). Гардиан могла быть дана как псевдоним или «говорящая» фамилия человеку, служившему в охране, или же быть русифицированной формой иностранной фамилии.

Другая, менее вероятная, но возможная версия — фамилия могла возникнуть в среде русских немцев или других переселенцев, где слово «Gardian» (вариант написания) бытовало как прозвище сторожа или управляющего. Однако в массовых списках российских фамилий Гардиан не фиксируется ни как распространённая, ни как старинная.

Словообразовательно фамилия стоит особняком: в ней нет типичных русских фамильных суффиксов (-ов, -ин, -ский). Это указывает на то, что она не прошла через стандартную модель «прозвище + суффикс», а была зафиксирована в исходной иноязычной форме. Встречаемость фамилии в современной России крайне низкая, и носители, скорее всего, либо потомки иностранцев, либо люди, получившие фамилию при смене паспортных данных в советское время (например, по созвучию с профессией или идеологическим словом).