Фамилия Гаркунова — одна из тех, что рассказывает о человеке не по роду занятий, а по личной особенности, скорее всего, по голосу или манере говорить. В её основе лежит прозвище Гаркун, а суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования: «чей?» — «Гаркунов», то есть сын или потомок Гаркуна. Женская форма Гаркунова закрепилась за женщинами в семье.

Слово «Гаркун» имеет два правдоподобных объяснения, и оба связаны с речью. Первое ведёт к украинскому глаголу «гаркавити» — говорить картаво, нечётко выговаривать звуки. В этом случае прозвище получил человек с заметным дефектом произношения, и фамилия фиксирует эту его особенность. Второе объяснение — от глагола «гаркать», то есть резко и отрывисто кричать, угрожать окриком. Здесь Гаркуном могли назвать обладателя зычного, громкого голоса или того, кто часто прикрикивал на других. Обе версии равновероятны, так как в народной речи «гаркать» и «гаркавити» — однокоренные слова, разошедшиеся по значениям в разных диалектах.

Фамилия Гаркунова встречается в основном в южных и центральных регионах России, а также на Украине, что подтверждает её связь с южнорусскими и украинскими говорами. Само прозвище Гаркун фиксируется в исторических документах XVII–XVIII веков, например, в записных книгах Войска Запорожского. Это говорит о том, что предки носителей фамилии могли быть выходцами из казачьей среды или крестьянами из чернозёмных губерний.

Таким образом, фамилия Гаркунова — не про профессию или место жительства, а про характерную черту человека, которая была заметна окружающим и закрепилась за его родом.