Фамилия Гаркуненко — характерный пример украинской фамилии, образованной по патронимической модели. Суффикс -енко, самый распространенный в Украине, означает «маленький» или «сын». Таким образом, Гаркуненко — это «сын Гаркуна», где Гаркун — личное прозвище или, реже, имя-прозвище.

Основа фамилии — слово «гаркун». В украинских говорах «гаркати» означает «говорить невнятно, грассировать, картавить». Человек с таким прозвищем, скорее всего, имел дефект речи: картавил, шепелявил или говорил с характерным «г» с придыханием. Прозвища по физическим особенностям (хромой, косой, шепелявый) были обычной практикой в среде крестьян и казаков: они не несли оскорбительного смысла, а служили конкретным указанием на человека. В данном случае Гаркун — это тот, кто «гаркает», то есть произносит звуки не так, как большинство.

Менее вероятная, но возможная версия связывает «гаркуна» с глаголом «гаркать» в значении «кричать, громко звать». В некоторых диалектах так называли горластого, крикливого человека. Однако основная масса украинских фамилий на -енко тяготеет к прозвищам, фиксирующим внешнюю или речевую примету, а не характер.

Фамилия Гаркуненко — восточноукраинская по ареалу. Наибольшая концентрация носителей традиционно фиксируется в Полтавской, Сумской и Харьковской областях, а также в соседних районах России (Белгородчина, Курщина), куда украинские крестьяне и казаки переселялись в XVII–XVIII веках. В реестрах Войска Запорожского встречаются похожие прозвища (Гаркуша, Гаркавенко), что указывает на казачью среду происхождения.

В отличие от фамилий с суффиксом -ов/-ев, которые в Украине часто указывали на принадлежность помещику или боярину, фамилии на -енко — демократичные, массовые. Они закреплялись за простыми людьми: крестьянами, казаками, мещанами. Гаркуненко не мог быть дворянином или шляхтичем — это фамилия свободного, но не знатного человека, чей предок получил прозвище за особенность речи.

Сравните с однокоренными фамилиями: Гаркавенко (от «гаркавий» — картавый), Гаркуша, Гаркавый. Все они держатся на одной основе — речевой особенности. Это делает фамилию Гаркуненко прозрачной по смыслу: она не хранит тайны, а прямо рассказывает о том, что у пращура было нестандартное произношение.