Фамилия Гаркунов образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Фамилия Гаркунов происходит от прозвища Гаркун, которое может быть образовано от украинского глагола «гаркавити», что значит «говорить картаво, нечетко произнося некоторые звуки» Таким образом, прозвище Гаркун может указывать на особенности речи предка. По другой версии, прозвище Гаркун могло быть образовано от глагола «гаркать» — «резко и отрывисто кричать, угрожать окриком». В таком случае прозвище Гаркун мог получить человек с громким, зычным голосом или тот, кто нередко прикрикивал на кого-нибудь. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Гаркун, со временем получил фамилию Гаркунов. О точном месте и времени возникновения фамилии Гаркунов в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Гаркунов представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.