Фамилия Гаркунов — типичный пример русской фамилии, образованной от прозвища с помощью патронимического суффикса -ов. Исходное прозвище — Гаркун. Оно, скорее всего, указывает на особенности речи или голоса человека, от которого пошёл род.

Корень здесь — гарк-, который легко соотнести с украинским глаголом «гаркавити» (говорить картаво, нечётко выговаривать звуки). Если это так, то Гаркуном могли прозвать человека с заметным дефектом произношения — картавостью или шепелявостью. Вторая, не менее правдоподобная версия, отсылает к русскому глаголу «гаркать» — резко, отрывисто кричать, прикрикивать с угрозой. Тогда Гаркун — обладатель громкого, зычного голоса, либо тот, кто часто покрикивал на окружающих, например, на работе или в быту.

В пользу второй версии говорит и то, что в русских говорах, особенно южных и юго-западных, «гаркать» — слово употребительное и живое. Прозвища по голосу вообще были распространены: Громов, Зыков, Крикунов — все они из того же ряда.

Модель образования простая: к основе Гаркун- добавили суффикс -ов, который в русской традиции отвечал на вопрос «чей?» и закрепился за потомками. Так Гаркун стал Гаркуновым — то есть сыном, внуком, потомком того самого человека с характерной речью или голосом.

С точки зрения географии, фамилия Гаркунов встречается в разных регионах, но чаще всего её носители — выходцы из южнорусских областей и Украины, где глагол «гаркать» и его производные особенно характерны для диалектов.