Фамилия Гармоновы — один из редких примеров русских фамилий, которые, скорее всего, имеют искусственное происхождение. В отличие от большинства крестьянских или боярских родовых прозваний, образованных от прозвищ или профессий, Гармоновы могли появиться в семинарской среде.

Самая вероятная версия связывает фамилию с именем древнегреческой богини Гармонии. В мифологии она — дочь Ареса и Афродиты, жена Кадма. Свадебный подарок — ожерелье работы Гефеста — приносило несчастья всем последующим владельцам. Если следовать этой логике, фамилию могли дать в духовном училище в честь античного образа, что было распространённой практикой: будущим священникам нередко присваивали «благозвучные» фамилии, связанные с мифологией или отвлечёнными понятиями.

Другая гипотеза опирается на прямое значение греческого слова «harmonia» — «лад, строй, соразмерность, слаженность», в том числе как музыкальный термин. С XVII века в русской церковной музыке утверждается тональная система гармонии, так называемое партесное пение. Отсюда логичное предположение: фамилию Гармонов мог получить музыкально одарённый семинарист. Аналогичным образом от нарицательного «роза» образовывали фамилию Розов, а не Розин (хотя по правилам русского языка суффикс -ов обычно присоединяется к словам мужского рода).

Обратите внимание на суффикс. В фамилии Гармонов — типичное окончание -ов, указывающее на принадлежность («чей?» — Гармонов, то есть сын Гармона). Но самого имени или прозвища Гармон в русском быту не зафиксировано. Это лишний раз подтверждает: перед нами не уличное прозвище, а книжное, «кабинетное» образование, придуманное наставниками для ученика.

Таким образом, предки Гармоновых, скорее всего, были выходцами из духовного сословия — либо получили фамилию по месту учёбы, либо по личному качеству (музыкальность). Точных сведений о сословной принадлежности и географии фамилии мало, но её структура и смысл уверенно указывают на среду русского православного духовенства XVIII–XIX веков.