Фамилия Гарцкиа звучит нехарактерно для русского уха, и это верный признак её иноязычного происхождения. Скорее всего, перед нами фамилия, пришедшая из грузинского или, реже, абхазского языка. В грузинском языке фамилии на -иа (или -ия в русской передаче) — одна из самых распространённых моделей, особенно в западной Грузии (Мингрелия, Гурия, Аджария). Окончание -иа указывает на принадлежность к роду или местности, аналогично русскому суффиксу -ов.

Основа «Гарцк-» может восходить к грузинскому слову «гарцва» (гварцва) или «гарца» (гварца), что переводится как «разделение», «отделение» или «часть». По одной из версий, прозвище Гарцкиа мог получить человек, живший на отшибе, на краю села, или же тот, кто занимался разделом земли, имущества. Второй вариант: основа связана с тюркским словом «гарцы» (от «карачи» — «чёрный», «смуглый»), но это менее вероятно для грузинской ономастики, где цветовые прозвища обычно передаются другими корнями.

Суффикс -иа в грузинских фамилиях часто указывает на знатное или княжеское происхождение, но не всегда: многие крестьянские роды носили такие же окончания. В русских документах XIX — начала XX века фамилию могли записывать как Гарцкия или Гарцкий, путая с польскими или украинскими фамилиями на -ский. Однако подлинная форма — именно Гарцкиа, с ударением на первый слог: Га́рцкиа.

Географически фамилия тяготеет к Абхазии и приграничным районам Грузии. Встречается также у абхазов, где фамилии на -иа тоже обычны, но там основа могла иметь другое значение — от абхазского «а-гарц» (место, ущелье). Сказать точно, кем были предки — крестьянами или дворянами, — можно только по конкретным архивным записям, но сама модель фамилии не исключает ни того, ни другого.