Фамилия Гайдайчюк — характерный пример восточнославянской модели, адаптированной к литовской или белорусской языковой среде. Её основа — прозвище или имя Гайдай, которое восходит к корню «гайда». В славянских говорах это слово имело несколько значений: «шум, гам, суета» (отсюда глагол «гайдаться» — качаться, шататься), а также «пастух» (от тюркского «гайда» — крик, которым погоняют скот). В украинском и белорусском языках «гайда» могло быть и междометием, означающим призыв к движению («айда»).

Суффикс -юк типичен для западноукраинских и южнобелорусских фамилий. Он выполняет ту же роль, что и русский -ов/-ев или -ин: указывает на принадлежность к роду. То есть Гайдайчюк — это буквально «сын Гайдая» или «потомок Гайдая». Написание через «ч» (Гайдайчюк, а не Гайдайчук) выдает влияние литовской орфографии или польской традиции передачи звука «ч». Встречается такой вариант преимущественно в регионах, исторически связанных с Великим княжеством Литовским — на западе Беларуси, в Литве, на Подляшье.

Сам прозвищный предок, скорее всего, был человеком подвижным, крикливым или, наоборот, имел дело со скотом — пастухом. Вторая версия, менее вероятная, но возможная: связь с украинским «гайдамака» (повстанец, разбойник), где «гайда» — также корень. Однако фамилия Гайдайчюк короче и проще, чем производные от «гайдамака», поэтому версия с пастухом или суетливым человеком выглядит убедительнее.

В отличие от фамилий на -ов или -ин, которые часто закреплялись за крестьянами и мещанами центральной России, Гайдайчюк — фамилия более локальная, не получившая широкого распространения за пределами западных земель. Встречается нечасто, что говорит о сохранении в узком родовом кругу, без массового прироста носителей за счёт переселений.