Фамилия Гайдукас — один из тех случаев, когда за простым звучанием кроется сразу несколько возможных историй, и выбрать единственную версию непросто. Самая прямая и наглядная гипотеза выводит фамилию из литовского слова «gaidukas» — уменьшительно-ласкательной формы от «gaidys», то есть «петух» или даже «турухтан» (птица из семейства бекасовых). Прозвище «Петушок» в крестьянской среде давали не случайно: его мог получить человек с горделивой осанкой, строгим взглядом или, напротив, вспыльчивый и задиристый, чей характер напоминал повадки этой птицы.

Однако литовский корень «gaida» («мелодия, напев, нота») открывает вторую, не менее интересную версию. Если основа фамилии восходит к этому слову, то перед нами так называемое «профессиональное» именование. Основатель рода Гайдукас мог быть певцом, музыкантом или даже сочинителем песен — человеком, чья жизнь была неразрывно связана со звуком и ритмом. Такое объяснение встречается реже, но оно логично: в литовской ономастике суффикс -ukas часто образует фамилии от названий занятий или характерных черт.

Третья версия уводит нас в соседнюю языковую область. Латышское прилагательное «gaidīts» означает «желанный», «долгожданный». В этом случае фамилия могла закрепиться за ребёнком, которого ждали особенно долго или который родился после трудных родов. Это мягкая, трогательная этимология, но её правдоподобие снижается тем, что фамилия Гайдукас — типично литовская по суффиксу и звучанию, а латышское влияние в бытовых именованиях литовцев было ограниченным.

Словообразовательная модель фамилии проста и прозрачна: основа плюс уменьшительный суффикс -ukas, характерный для литовских фамилий (ср. Будрюкас, Казюкас). Окончание -ас — стандартный показатель мужского рода в литовском языке. Таким образом, фамилия Гайдукас — чисто литовская по форме, независимо от того, какое из значений корня считать верным. Сословной привязки у неё нет: такую фамилию мог носить и крестьянин, и ремесленник, и мелкий шляхтич на территории бывшего Великого княжества Литовского. В России и Беларуси фамилия встречается редко, почти всегда указывая на литовские или смешанные литовско-славянские корни предков.