Фамилия Гайдулин — это краткий вариант более распространенной фамилии Гайдуллин. Обе они восходят к личному имени Гайдулла, которое пришло в русский язык вместе с исламской традицией. В основе имени лежит арабское «гайдулла» — «принадлежащий Аллаху», «поклоняющийся Аллаху». Так нарекали ребенка, подчеркивая его посвященность Богу.

В русской среде имя Гайдулла попало под действие местных словообразовательных моделей. От него образовали фамилию с помощью типичного для восточнославянской ономастики суффикса -ин. Суффикс -ин, в отличие от -ов/-ев, крепится к основам на -а или -я: Гайдул(л)а → Гайдулин. Именно этот суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — «сын Гайдуллы».

Разница в написании — с одной или двумя буквами «л» — объясняется особенностями передачи арабского удвоенного звука. В татарском и башкирском языках, через которые имя чаще всего попадало в русский обиход, удвоение сохранялось (Гайдуллин). В русском же произношении долгую согласную нередко сокращали, особенно если фамилия фиксировалась в документах «на слух». Поэтому Гайдулин — не ошибка, а фонетически упрощенная форма, которая закрепилась в некоторых ветвях рода.

Географически фамилия Гайдулин тяготеет к Поволжью и Приуралью — регионам, где веками жили татары и башкиры. Встречается она и у русских, но в таких случаях почти всегда указывает на смешанные браки или на то, что предок принял православие, сохранив фамильное прозвище. Сословного барьера у фамилии не было: имя Гайдулла давали и крестьянам, и купцам, и муллам — фамилия лишь фиксировала родовую связь с конкретным человеком.