Фамилия Гайдуллины (чаще встречается в форме Гайдуллин) ведет происхождение от арабского составного имени Гайдулла. Первая часть — «гайд» — восходит к арабскому слову со значением «идти по верному пути», «направлять», а вторая — «улла» — сокращенная форма от «Аллах». В совокупности Гайдулла осмысляется как «идущий по пути Аллаха», «принадлежащий Аллаху» или «поклоняющийся Аллаху». По этой модели образовано множество мусульманских имен (например, Гайнутдин — «верный религии»).

Фамилия Гайдуллин — это русская патронимическая форма на -ин, которая в Поволжье и Приуралье закреплялась за потомками людей с именем Гайдулла. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Гайдуллин, то есть сын, внук или потомок Гайдуллы. Такая модель типична для фамилий, возникших в среде крещеных татар, башкир и других тюркских народов, но нередко ее сохраняли и мусульмане при записи в русских документах.

Стоит различать фамилию Гайдуллин и фамилию Гайдуков (от прозвища Гайдук). Гайдук — это исторический термин (венгерский пехотинец, повстанец, слуга), не имеющий отношения к арабскому имени Гайдулла. Фамилия Гайдуллин — чисто теофорная, то есть связанная с именем Бога.

В русских переписях и метрических книгах XIX века форма Гайдуллин встречается в Казанской, Уфимской и Оренбургской губерниях. Встречается и вариант с двойным «л» — Гайдуллинн, но это, скорее всего, описка писаря. Точное время возникновения фамилии установить сложно: массово фамилии у татар и башкир начали закрепляться после ревизий XVIII — первой половины XIX века, но отдельные носители имени Гайдулла фиксируются и раньше.

Таким образом, фамилия Гайдуллин — это не прозвище по ремеслу или внешности, а религиозно-именная фамилия, напрямую отсылающая к исламской традиции именования. Для окончательного выяснения родословной конкретной семьи Гайдуллиных потребуются архивные разыскания, но общее направление ясно: предки носили имя Гайдулла, а фамилия закрепилась в русскоязычной среде через стандартную модель «имя + ин».