Фамилия Габдуллины — одна из тех, что прямо указывает на веру предков и их имя, данное при рождении. В её основе лежит арабское мужское имя Габдулла (или Абдулла), которое имеет сложный состав и точный перевод: «габд» означает «раб, слуга», а вторая часть имени — одно из имён Всевышнего. Полное значение — «раб Аллаха», «раб Божий». Это распространённая модель имени в исламской традиции, где подчёркивается смирение человека перед Богом.

Фамилию образовали по русской модели: к восточному имени Габдулла добавили типичный русский суффикс принадлежности -ин. В итоге Габдуллин буквально означает «сын Габдуллы» или «потомок Габдуллы». Такая модель (имя + -ин) встречается у многих фамилий, произошедших от имён, оканчивающихся на -а или -я: от Гаврила — Гаврилин, от Никита — Никитин, от Габдулла — Габдуллин.

Встречаются рассуждения о том, что фамилия может вести начало от выходцев из Золотой Орды, печенегов или половцев, и что её корни уходят в XV–XVII века. Однако эти версии остаются скорее общими предположениями. Более точным будет сказать, что фамилия Габдуллин — это яркий памятник восточной письменности и культуры, который закрепился в русской среде благодаря контактам с тюркскими и мусульманскими народами. Проникновению таких фамилий в русский обиход способствовал и тот факт, что среди российских дворян было немало выходцев из татарских и других восточных родов, которые переходили на русскую службу и получали поместья. Однако фамилия Габдуллин не обязательно указывает на дворянское происхождение: её могли получить и обычные крестьяне, и служилые люди татарского или башкирского происхождения. Сегодня фамилия Габдуллин широко распространена среди татар, башкир и других народов Поволжья и Приуралья, что делает её не редкой, но очень точной в своём значении.