Фамилия Габидулин происходит от арабского мужского имени Габидулла (Габидулла), что означает «поклоняющийся Аллаху». Это имя составное: первая часть «габид» переводится как «поклоняющийся», «раб Божий», вторая — «Аллах». Такая модель словообразования типична для тюрко-мусульманских имен, где к основе добавляется имя Всевышнего, подчеркивая религиозное смирение и преданность.

Фамилия образована по распространенной в Поволжье и на Урале модели: к основе Габидулл- добавлен русский патронимический суффикс -ин. В татарской и башкирской среде, где фамилии часто оформлялись по русскому образцу после XVI–XVII веков, суффикс -ин указывал на принадлежность к роду: Габидулин буквально означает «сын Габидуллы». Интересно, что в самом имени при переходе в фамилию произошло стяжение: конечная гласная «а» в имени Габидулла отпала, и получилась форма Габидул-ин (а не Габидуллин), что встречается реже, чем более привычное окончание -ов. Это может говорить о том, что фамилия закрепилась в устной речи раньше, чем попала в официальные документы, или же о влиянии местного произношения.

Географически Габидулины — типичная фамилия для татар и башкир, особенно распространенная в Башкортостане, Татарстане и Оренбургской области. Встречаются и варианты написания: Габидуллин, Габидулов, но форма с -ин преобладает. Поскольку имя Габидулла — не самое частое (уступает, например, Абдулле или Габдулле), фамилия относительно редкая, что делает ее хорошим маркером для генеалогического поиска: предки, скорее всего, были выходцами из волго-уральского региона, а само имя могли дать в семье, где особенно чтили религиозные традиции. Сословно носители фамилии в XIX веке чаще всего относились к государственным крестьянам или мещанам, реже — к купечеству или духовенству, но единого правила здесь нет.