Фамилия Габидулина образована от арабского мужского имени Габидулла. Это составное имя: первая часть, Габид, переводится как «совершающий богослужение», «поклоняющийся», «раб»; вторая, Улла, — «Аллах». В сумме имя означает «поклоняющийся Аллаху» или «раб Аллаха». Такие теофорные имена (содержащие отсылку к божеству) широко распространены в мусульманской культуре, и фамилия Габидулина — одна из многих, образованных по той же модели: от отцовского имени через суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Габидулин). Женская форма Габидулина — это вариант фамилии, закреплённый за женщинами.

Фамилия типична для татар, башкир и других народов, исповедующих ислам, в Поволжье и на Урале. Встречается в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях. Известный носитель — Эрнст Мухамедович Габидулин, доктор технических наук, профессор, заведовал кафедрой радиотехники МФТИ. Он автор более 120 научных трудов, включая монографии, его работы по теории информации и криптографии известны в России и за рубежом. Габидулин — действительный член Международной академии информатизации, награждён медалью к ордену «За заслуги перед Отечеством». Многие его ученики стали известными учёными.

Процесс закрепления фамилий у разных народов шёл неравномерно. У татар и башкир фамилии в привычном виде (с суффиксами -ов, -ев, -ин) массово появились лишь во второй половине XIX века, после отмены крепостного права и введения всеобщей воинской повинности. Поэтому точное место и время возникновения конкретного рода Габидулиных можно установить только по архивным документам — метрическим книгам, ревизским сказкам. В целом же фамилия указывает на то, что предок носителя носил имя Габидулла, что говорит о религиозной традиции в семье.