Фамилия Габидуллина — одна из тех, что сразу указывает на веру предков. Её основа — арабское составное имя Габидулла, где первая часть «Габид» (или «Габит») означает «слуга» или «раб», а вторая — «Улла» (Аллах). В сумме выходит «слуга Аллаха», то есть человек, посвятивший себя Богу. Это типичная модель для тюрко-мусульманских имён, распространённых у татар, башкир и других народов, исповедующих ислам.

Фамилия образована при помощи русского патронимического суффикса -ин, который присоединяется к основам на -а/-я. В данном случае от имени Габидулла сначала возникло отчество Габидуллин («сын Габидуллы»), которое затем закрепилось как фамилия. Женская форма Габидуллина — это грамматическое изменение по роду, а не отдельная фамилия.

Интересно, что имя Габидулла встречается в двух вариантах произношения: с глухим «т» на конце (Габитулла) и со звонким «д» (Габидулла). Оба варианта дали жизнь фамилиям-двойникам. Поэтому Габидуллины и Габитуллины — это, скорее всего, потомки людей с одним и тем же именем, но записанным по-разному в документах.

Точное место возникновения фамилии назвать сложно: процесс закрепления фамилий у волжских татар и башкир шёл в основном в XIX — начале XX века, часто через метрические книги и ревизские сказки. Габидуллины массово встречаются в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях — там, где исторически жило тюркоязычное мусульманское население.