Фамилия Габидуллин образована от арабского мужского имени Габидулла, которое складывается из двух основ: «габид» (или «габит») — «слуга, раб» — и «улла» — «Аллах». В сумме имя означает «слуга Аллаха», «поклоняющийся Аллаху». Это типичная мусульманская теофорная модель, где человек через имя подчёркивает свою преданность Богу.

Словообразовательно фамилия следует тюрко-татарской модели: к арабскому имени Габидулла добавили русский патронимический суффикс -ин, который указывает на принадлежность потомку этого человека. Буквально Габидуллин — «сын Габидуллы». Такая гибридная форма — арабская основа плюс русский суффикс — характерна для фамилий, сложившихся у татар и башкир после вхождения их земель в состав Российского государства, особенно в XVIII–XIX веках.

Встречаются варианты написания Габидуллин и Габидулин, но первый — с удвоенной «л» — фиксируется чаще и точнее передаёт исходное имя. Фамилия распространена в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской и Челябинской областях, где исторически велика доля тюркского населения. Носители фамилии — потомки тех, кто носил имя Габидулла, то есть людей, чьи предки исповедовали ислам и давали детям имена с религиозным смыслом.