Фамилия Гайнуддинова — женская форма от мужской фамилии Гайнуддинов. Её основа — арабское мужское имя Гайнуддин, которое состоит из двух корней: «гайн» (глаз, источник, родник) и «ддин» (вера, религия). В буквальном переводе имя означает «источник веры» или «глаз религии». Это составные теофорные имена, популярные в мусульманской среде, особенно у татар и башкир, где имя ставилось в один ряд с такими, как Нурутдин (свет веры) или Сафиуллин (чистота Аллаха).

Словообразовательная модель проста: к основе Гайнуддин добавляется русский патронимический суффикс -ов, а затем — окончание -а, указывающее на женский род. Такой способ адаптации тюркских и арабских имён в русскую фамильную систему характерен для Поволжья и Приуралья, где в XIX–XX веках шла массовая запись фамилий по русским образцам. Если у мужчины фамилия Гайнуддинов, то его жена или дочь — Гайнуддинова.

Географически фамилия наиболее частотна в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской и Челябинской областях. Встречается и у казахов, но реже — у них фамилия обычно сохраняет исходное окончание -ов/-ев без русификации по женскому роду. Интересно, что в старых метрических книгах можно найти вариант написания через дефис (Гайнутдин-ов), что подчёркивает двойное происхождение: от имени Гайнутдин (с твёрдым «т») и с русским суффиксом. Со временем «т» в произношении смягчилось до «д», что и закрепилось в современной орфографии.

Предки носительницы фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами из татарских или башкирских деревень. Фамилия не указывает на конкретное ремесло или сословие, а лишь фиксирует имя родоначальника — человека, которого назвали Гайнуддином. В советское время фамилия не претерпела изменений, так как не несла идеологической нагрузки, и сегодня её можно встретить у людей самых разных профессий.