Фамилия Гайнуллин образована от мужского имени Гайнулла. Это имя имеет арабское происхождение и переводится на русский как «источник Аллаха», по другим источникам - «наблюдатель Аллаха» или «сын богатого человека». Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Гайнулла можно лишь на основании генеалогических исследований.