Фамилия Гениатов — редкий случай в русской ономастике, где за основу взято слово «гений», но не в современном бытовом смысле «талантливый человек», а в его прямом, латинском значении. В Древнем Риме genius — это дух-покровитель, божество, дающее жизнь и охраняющее человека с рождения. В русский язык слово проникло через западноевропейские языки и церковную книжность, но фамилии от него образовывались крайне редко — гораздо чаще встречаются однокоренные Гениев или Гениевский.

Словообразовательная модель здесь простая: основа «гениат» и суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?»). Суффикс -ов самый массовый в русских фамилиях, он образует притяжательные формы от существительных и прозвищ. А вот основа «Гениат» требует объяснения. Это не классическое русское прозвище — скорее всего, перед нами семинарская или искусственная фамилия, которую давали в духовных училищах. В семинарской среде было принято «латинизировать» фамилии, придавая им возвышенное звучание. Священник, получивший такую фамилию, мог быть назван в честь «гения» как небесного покровителя, или же сама фамилия должна была подчеркнуть его одарённость, божественное вдохновение.

Второй, менее вероятный, но возможный вариант — происхождение от греческого имени Геннадий через народную форму «Генят» или «Гениат». В некоторых говорах «гениатый» могло означать «родовитый», «знатный», но это уже чисто умозрительная гипотеза без серьёзной диалектной поддержки.

Географически фамилия Гениатов тяготеет к центральным и южным регионам России, встречается единично. В дореволюционных метрических книгах и списках духовенства её можно найти в среде сельских священников и причетников. Сословно это почти наверняка духовное звание, что подтверждается и характерной «книжной» основой, и суффиксом -ов, который в дворянских фамилиях встречается реже, чем в крестьянских и церковных. Никаких известных дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.