Фамилия Гениус — редкая и нестандартная для русского ономастикона. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, она не образована с помощью типичных суффиксов (-ов, -ин, -ский). Перед нами, скорее всего, искусственная или семинарская фамилия, которую в XVIII–XIX веках давали выпускникам духовных училищ и академий.

Слово «гениус» — прямая транслитерация латинского genius. В античной мифологии гений — это дух-покровитель человека, места или рода, а в более широком смысле — высшая творческая способность. Семинаристам часто меняли «простонародные» фамилии на более благозвучные, латинизированные или греческие. Так на свет появились фамилии Альбов (от albus — белый), Сперанский (от spero — надеюсь), Аполлосов и, в том числе, Гениус. Молодой человек, получивший такую фамилию, мог отличаться особыми успехами в науках, или же это был символический жест — наречение «гением» при поступлении.

Существует и другая, менее вероятная версия: фамилия могла возникнуть из прозвища. Если бы её давали в крестьянской или мещанской среде, то прозвище Гений мог получить человек необычайно умный, талантливый или, наоборот, с иронией — чудак, «себе на уме». Однако в таком случае фамилия, скорее всего, обросла бы русским суффиксом (Гениусов, Гениусовский) или народной переделкой. Форма Гениус без изменений — верный признак книжного, искусственного происхождения.

Географически фамилия встречается крайне рассеянно, без выраженного гнезда. Её можно найти в центральных губерниях России, где были сильные духовные школы, а также среди потомков выходцев из Польши и Прибалтики, где латинские корни в фамилиях встречались чаще. В любом случае, носитель фамилии Гениус может с высокой долей уверенности предполагать, что его предок был человеком грамотным, учился в духовном или светском учебном заведении, где ценили классическое образование.