Фамилия Гениятуллин — тюркская по происхождению, арабская по корням. Её основа — мужское имя Гениятулла, которое в свою очередь восходит к арабскому словосочетанию «Ганиятулла» (غنية الله), что означает «богатство Аллаха» или «дар Аллаха». Здесь «гания» — богатство, изобилие, а «Аллах» — имя Бога. Имя давали с надеждой, что ребёнок станет благословением и достатком для семьи.

Модель образования типична для русской адаптации тюркских фамилий. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Гениятуллин, то есть сын или потомок Гениятуллы. В татарской и башкирской среде, откуда фамилия наиболее распространена, такие отчества-фамилии оформляли по русскому образцу в XIX–XX веках, когда началась массовая фиксация фамилий у мусульманских народов Поволжья и Приуралья.

У фамилии есть несколько вариантов написания: Гениятуллин, Гениатуллин, иногда Гениятулин (с одной «л»). Двойное «л» — результат русификации: в татарском языке имя пишется с одной «л» (Гениятулла), но при добавлении суффикса -ин в русском языке укрепилось удвоение. Встречается и форма Гениятуллов, но она редка.

Географически фамилия привязана к Татарстану, Башкортостану, Оренбургской и Челябинской областям. В переписях XIX века в Казанской и Уфимской губерниях можно найти крестьян и мещан с этим именем. Сословно носители чаще всего были государственными крестьянами или торговцами — в мусульманской среде не было жёсткого крепостного права, поэтому фамилия встречается у разных слоёв.

Сравните с однокоренными фамилиями: Гениев, Гениятов — они образованы от сокращённой формы имени, без вставки «улла». Гениятуллин же сохранил полную теофорную часть (имя с упоминанием Бога), что характерно для более консервативного именования в религиозных семьях.