Фамилия Гержени — редкая, её происхождение почти наверняка связано с географией. В русском языке нет корня «герж» или «гержен», который образовывал бы прозвища или имена. Поэтому логичнее всего искать основу за пределами восточнославянских земель.

Скорее всего, перед нами фамилия польского или украинского происхождения, записанная в русифицированной форме. Исходное звучание могло быть «Гержень» или «Ґержень». В польском языке есть слово «gierz» (произносится как «геж») — так в некоторых регионах называли грубую шерстяную ткань или сермягу. Соответственно, «Гержень» — прозвище человека, который её ткал, продавал или носил. В украинских говорах встречается слово «гержа» — тоже вид домотканого сукна.

Суффикс «-ени» здесь нестандартный. Если бы фамилия заканчивалась на «-енко», это был бы типичный украинский патроним («сын Герженя»). Форма «Гержени» могла возникнуть при передаче фамилии в русскую документацию: окончание переосмыслили как множественное число (ср. «дворяне Гержени») или просто исказили при записи. В любом случае, модель образования указывает на то, что предок носителя фамилии получил прозвище от ремесла или особенности одежды.

Есть и менее вероятная версия — от тюркского имени «Гержан» или «Гержанбек», но она не подтверждается типичной географией фамилии. Носители фамилии Гержени встречаются в западных областях Украины и в Польше, что склоняет к «суконному» объяснению. Предки, скорее всего, были ремесленниками-сукновалами или торговцами тканями.