Фамилия Гержин — редкий случай, где на форму повлияла не столько география, сколько фонетика. Если отбросить суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?»), остаётся корень Герж-. В русском языке такого слова нет, зато в польском и украинском есть герж (gierz) — «мешок», «кошель», «котомка». Но прямая связь сомнительна: прозвище Мешок встречается, но обычно в виде Торба или Калита, а не Герж.

Гораздо правдоподобнее, что Гержин — это русифицированная форма польской или западноукраинской фамилии Гержинский. В XIX веке при переезде в центральную Россию или записи в ревизские сказки суффикс -ский нередко отсекали, оставляя «усечённый» вариант. Подтверждение — географическая привязка: подавляющее большинство носителей фамилии Гержин встречается в западных регионах бывшей Российской империи (Гродненская, Минская, Волынская губернии), где жило много поляков и белорусов.

Есть и альтернативная версия, но слабая: от имени Герж как варианта крестильного имени Георгий (через польское Jerzy). Однако переход Jerzy → Герж фонетически нелогичен, а фамилии от Георгия обычно дают Журавлёв, Егоров или Георгиев. Так что основная линия — либо прозвище по профессии (кожевник, торговавший мешками), либо, что вероятнее, сокращение от польской фамилии на -ский. Сословно это могли быть мещане или однодворцы, реже — шляхта, потерявшая дворянство при разборах в западных губерниях.